La corporación municipal, en sesión del día 25 de mayo de 2006 acordó la elaboración de un proyecto para la tramitación del expediente sobre aprobación del escudo y bandera de esta población, según lo dispuesto por la Junta de Andalucía en la ley 6/2003, de 9 de octubre, de Símbolos, Tratamientos y Registro de las Entidades Locales de Andalucía (BOJA 210, de 31 de octubre de 2003), que sustituye al decreto 14/1995, de 31 de enero. El equipo de Gobierno encargó dicho proyecto al historiador Juan Antonio López Cordero, que fue aprobado en sesión del 28 de junio de 2006 y, de forma definitiva, en sesión del 18 de mayo de 2007. La inscripción en el Registro Andaluz de Entidades Locales fue aprobada por la Dirección General de Administración Local (Consejería de Gobernación de la Junta de Andalucía) por resolución del 13 de junio de 2007 y publicada en el BOJA núm. 125 de 26 de junio de 2007, página 27. Resumidamente la justificación del escudo y bandera aprobados es la siguiente:
Justificación de las armas de blasón municipal.
Las figuras del castillo y el león, están íntimamente ligadas al escudo del reino de Castilla y la historia de frontera bajomedieval entre este reino y el musulmán de Granada. Aparecen en el escudo que se encuentra sobre el arco de la Encarnación, principal puerta de entrada al castillo de Pegalajar. También la carta de privilegio real de 1559, por la que Felipe II otorga a Pegalajar su independencia jurídica de la ciudad de Jaén, recoge en su cubierta y en el ángulo inferior izquierdo el escudo de un castillo de oro sobre campo de gules, almenado de tres torres, semejante al que figura en la propuesta de blasón municipal. Por simetría, en el ángulo inferior derecho de la cubierta de la carta de privilegio debería figurar otro escudo, que no se conserva debido al deterioro del pergamino, los cuales acompañarían al escudo real de Felipe II con el toisón de oro, que se encuentra en la parte inferior central. Posiblemente el escudo que falta en la carta de privilegio representaría el león que ocupa la partición siniestra del escudo tradicional de la villa. De ahí que Espinalt, a finales del siglo XVIII, describiera el escudo de Pegalajar con las armas de Castilla y posteriormente otros muchos autores.
La inclusión de las estrellas de cuatro seis y ocho puntas, que figuran en la propuesta de blasón municipal, está basada en el escudo del castillo almenado con tres torres que figura en la carta de privilegio real. Estas estrellas tienen una antiquísima simbología que recoge el cristianismo. Podrían identificarse respectivamente con Jesucristo, que murió en la cruz; el Padre, y la Virgen María. La ubicación de las tres estrellas sobre las torres almenadas del castillo simbolizan la protección divina sobre la fortaleza de Pegalajar, pues hay que tener presente que la guerra de Granada había acabado apenas sesenta años atrás, y el castillo de Pegalajar había sido frontera con este reino musulmán durante tres siglos; de ahí también la presencia de Santiago Matamoros en la representación de la cubierta de la carta de privilegio real, donde figura el escudo con el castillo almenado de tres torres coronadas con tres estrellas.
Las estrellas son la única variación sustancial respecto al escudo que tradicionalmente usaba el Ayuntamiento.
Justificación de los colores de la bandera municipal.
Históricamente Pegalajar había carecido de bandera. Los colores azul y violáceo de la bandera, que incluye el escudo de Pegalajar, están basados en la historia y en la cultura de la población. La justificación de estos esmaltes es la siguiente. El azul mar de la mitad superior por la identificación de Pegalajar con la cultura del agua, el nacimiento de la Fuente de la Reja, una de sus señas de identidad, que ha dado lugar al paisaje singular de la Huerta de Pegalajar y ha fertilizado las tierras más próximas al núcleo urbano. El color violáceo de la mitad inferior, color de la bandera de la ciudad de Jaén, por la dependencia jurisdiccional de Pegalajar respecto a la capital entre 1246 y 1559, año este último en que alcanzó su independencia.
